到了翁同龢那里，他就没有张之洞和潘鼎新那么高尚的私德，处处和李鸿章针锋相对，而北洋海军则成为了攻击重点。同时，翁作为清流派领袖，发动清流派处处和李鸿章为难。哪怕是国难临头，翁师傅仍然不放弃给李鸿章下绊子。北洋海军的覆没，有一点原因就是装备跟不上去。
这倒怪不得李鸿章等人喊冤，北洋水师从1883年到1895年十多年时间里，没有购买一艘新军舰，更别说升级现有军舰武器系统了，“吉野”等日本军舰装配的是英国阿姆斯特朗公司生产的6寸40倍口径速射炮，而“定远”等北洋军舰装备的是德国克虏伯305mm后膛炮。
若翁同酥敢于公开以私废公，扣押北洋水师的军费，且不说给清流们提供了一个大题材，就是李鸿章本人，又会放过翁同酥吗？答案是非常明显的，大家都不傻。所以朝廷确实停 拨了很多北洋水师的军费，但在舆论方面，却是安静得很，因为这是大局所限，套不上公报私仇。
翁同龢的哥哥翁同书担任安徽巡抚的时候镇压太平军时出了岔子，曾国藩弹劾他，弹劾的奏章是李鸿章写的，结果是翁同书被朝廷判了死缓而后又发配新疆。翁同书虽有过失但主要是因为反复无常的苗沛霖替朝廷和胜保当了替罪羊，而朝廷为了拉拢曾国藩牺牲了翁同书 。
