毛利小五郎和工藤新一作为《名侦探柯南》中的破案的关键人物，可是这两个人的关系似乎不怎么融洽，尤其是毛利小五郎非常的讨厌工藤新一，总是叫工藤那个臭小子，可以说他们两个也算是一对欢喜冤家了，但是讨厌也绝非是没有任何理由的。毕竟工藤新一是一个非常有名气的高中生侦探，头脑聪明，简直就是福尔摩斯附身了，而且最关键的是他让小五郎的女儿毛利兰从小便倾心于他。
首先就说同行间的嫉妒吧，这个也是比较明显的原因了。在这部动漫的开头毛利小五郎就说了那个高中生侦探害的我的工作量又减少了。重要的案子都被工藤新一抢着破了，毛利侦探估计天天做的也就是一些追查小猫小狗的事情。所以可以看出这侦探同行之间却是是冤家呀，没有了工作，就没有钱呀。毛利大叔可是天天幻想着要发大财，但是这下估计发不了财。
毕竟高中生侦探工藤新一可是被誉为日本警察界的福音呀，那个时候的名声是远胜于毛利小五郎的。再者新一破案是免费的，而毛利是需要一些费用的，这就使得本就名声不是很大毛利小五郎工作无疑是雪上加霜。还有毛利也从来没有认为自己不如那个高中生，从剧情中大家可以看出他不止一次的提出自己名侦探的大名，可以看出对自己的实力也是比较自信的，而新一年少轻狂，不知轻重，很多时候二者相遇谁都不服谁。
再者就是工藤新一抢了他心爱的女儿。他总说那个小混蛋，只用了一点花言巧语，就把他的女儿骗的团团转。从这句话我们可以看出他心里还是不怎么看好这个未来的女婿的。毛利小五郎是出了名的疼爱自己的闺女，尽管总是让女儿做家务，并且似乎都是女儿在照顾他。
但是在女儿遇到危险的时候，他可是立即就挺身而出的，曾经为了让歹徒放过自己的女儿，可是在电视直播上恳求歹徒放过自己的女儿，丝毫不顾及自己身为大侦探的面子。而且工藤新一看上去比较情况，不像是会照顾人的，自己的女儿跟着他也只是会受苦，所以他心里还是非常排斥这个未来女婿的。
而最重要的其实是长辈对于晚辈的关爱。毛利小五郎如今看上去是一个糊涂的角色，但是总感觉他是一个大智若愚的人，青山刚昌应该是想把他当成最后的关键人物，所以说他一直在隐藏，可能也与新一一样在调查中黑衣组织的事情，但是为了掩人耳目，更为了自己的女儿和妻子不受伤害，只能够表现出糊涂的样子。
而他作为侦探界的前辈，他知道侦探这个工作其实是非常危险的，因为很有可能遭到犯罪同伙的报复，所以说他不断地打压新一就是让新一学会低调。这是一种长辈对于晚辈的教导与关爱。而工藤新一也确实在毛利小五郎面前不像平时那样轻狂。
但是毛利小五郎的这种讨厌也并不是无休止的，他有很多时候还是非常关爱新一的，毕竟工藤新一已经失踪这么久了。虽然小兰平时候不表现出来，但是小五郎却看在眼里。如果他再不出现的话，可能女儿小兰真的要伤心透顶了。有的时候会不自觉的向小兰打听新一的下落，这恐怕就是怕新一出事吧，典型的嘴硬心软。他在剧中所有的出发点都是自己的家人，相信新一对小兰一心一意的付出会使得他对新一改观的。
