《名侦探柯南》作为动漫史上的神作，已经更新了十几年，以悬疑的剧情，缜密的思维较量，收获世界动漫迷的喜爱。而它的结局一直是观众热议的话题，曾经有很多人爆料黑衣人的大boss是阿笠博士，但是以博士那种幽默的形象很难担当这种大任。而且作者青山刚昌明确表示黑衣人的幕后领导者是乌丸莲耶，自然那些谣言就不攻自破了。但是以作者的风格即便是提出boss的名字，想必主角们也不一定会很轻松地找出来，否则黑衣组织还能够坚持这么多年吗？
黑衣组织是一个庞大且神秘的组织，很多人都死在他们的手下，而且所有的黑衣人都有着酒的代号。与主角柯南也有很多次较量，可以说是十分难缠的角色，就连FBI等警探都参与其中，足见对手的强大，而这个组织的大boss也自然不是等闲之辈。还有这些组织的人会伪装，戴上人皮面具，就可以销声匿迹，任凭你如何机智，也找不出茫茫人海中的嫌疑人。所以柯南一定是借助外力的帮助，或是赤井秀一这样的FBI，或是灰原哀，或是小兰，还有可能是毛利小五郎。
灰原哀作为曾经的黑衣组织成员，尽管没有直接接触到组织的老大，但是她的父母也许给她留下了线索，只是现在没有找出来。或者说乌丸莲耶得知事情的真相，想让灰原哀再次研制出那种毒药的解药，以便自己可以在危急时刻服下，掩人耳目，逃过警察的追击，在没危险的时候服下解药恢复原状，所以让黑衣组织的成员绑架她，而柯南为了解救灰原哀，与黑衣组织老大进行直面较量。
还有毛利小五郎，看上去是一个放浪不羁，而且还有些糊涂的角色。面对柯南多次的催眠也没有发现，而很有可能他是一个大智若愚的人，很有可能他在伪装，一方面是为了协助柯南帮助他，二是私下里自己调查黑衣组织却不想给自己的女儿带来为危险。在最后他将私下那张愚蠢的面具吗，一个名副其实的名侦探沉睡的毛利小五郎将展现在世人面前。
毛利兰作为故事的女主角在结局也一定会出现的，以现在的剧情看来总感觉小兰已经发现柯南的真实身份，只是她知道柯南在从事很危险的事情，所以没有打扰他，也不想新一因为自己而分心，而有所顾忌，所以继续装糊涂。而小兰可是有名的空手道高手，柯南脑袋很聪明可是武力值却不是很高，所以说结局小兰一定会是柯南最得力的保镖。但对手挟持毛利兰时，柯南将作何选择，是否会和毛利大叔一样开枪打中小兰的脚，从而让她失去行动能力，而对手只能独自逃跑。
结局总感觉是一部分人的大团圆，另一部分的悲剧。作为男女主角的新兰一定会走到最后，根据目前的情况来看这应该是不变的，而阿笠博士，毛利小五郎，或者新一的父母这些人都是主角的亲人，应该也不会轻易牺牲。
只有曾经作为黑衣组织成员的宫保志野最有可能以悲剧结局。她太依赖柯南了，也太需要柯南了，离开了柯南灰原是否能够找到幸福快乐，真的很令人担忧。或许因为最后的需要，她会恢复原来的身份。但是她原来的那个身份象征着罪恶的一部分，也许这个身份给她带来的终究只是毁灭，就像她的父母和姐姐一样。也许灰原最后真的要去向天堂和她的父母姐姐团圆。
